A partire dal 1559-1562, anche il palazzo, come l’intero Broletto è oggetto di una riforma generale. All’interno del palazzo, in particolare il vasto salone cittadino, viene suddiviso un verticale, divenendo una “Corte di Giustizia” al livello immediatamente superiore al portico e viene creato appositamente un sottotetto, per adibirlo alla funzione d’archivio.
Nel 1582 l’aula “di giustizia” subisce nuovi adattamenti, ad opera dell’Ingegnere della città Giuseppe Meda, e viene frazionata in un vasto ambiente (il cosiddetto “salone dei Giudici”) e nuovi ambienti più piccoli e funzionali.
Dal 1771, con la decadenza od il trasferimento al di fuori del Broletto delle magistrature dell’Ancient Regime, anche il Palazzo della Ragione cambia radicalmente funzione, divenendo archivio della Camera dei Notai. Anche la sua fisionomia, antica di più di cinque secoli cambia radicalmente due anni dopo, nel 1773, quando per incrementate esigenze di spazio, l’edificio fu completamente rinnovato dall’architetto Francesco Croce che chiuse le trifore medievali e sopralzò l’edificio realizzando degli ampi finestroni ovali (più piccoli sui lati lunghi e più grandi su quelli corti), ancora oggi visibili. Tale funzione rimarrà inalterata per circa due secoli, fino al 1970, quando l’archivio Notarile venne trasferito e il piano superiore del palazzo venne definitivamente sgomberato.
